داستان این فیلم درباره دختری سایبورگ تحت عنوان آلیتا است که در دنیای پسا-رستاخیزی زندگی میکند و به طور کامل حافظه خود را از دست داده است. دکتر سایبرنتیک او را در توده‌ای زباله پیدا کرده و پس از بازسازی وظیفه مراقبت از وی را برعهده می‌گیرد. وی تنها سایبورگ افسانه‌ای هنرهای رزمی پانزر کونست را به خاطر دارد و همین موضوع باعث می‌شود که به شکارچی جایزه‌بگیر تبدیل شود و...
توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
«دام کاب» یک دزد ماهر در استخراج اسرار ارزشمند مورد نیاز سازمان‌های جاسوسی و شرکت‌های تجاری و چندملیتی است. توانایی او در این است که هنگامی که دیگران در خواب هستند و ذهنشان در آسیب پذیرترین وضعیت است، اسرار کلیدی آنان را از درون رویاهایشان ربوده و در دنیای بیرون از خواب، این اسرار را به خریداران متقاضی عرضه میکند. اما همین امر او را به یک مجرم فراری بین المللی تبدیل کرده است و باعث شده عزیزترین چیزهایش را در این راه از دست بدهد. حال به کاب فرصتی برای آزادی پیشنهاد می شود. او با انجام این ماموریت می تواند زندگی‌اش را پس بگیرد، اما تنها در صورتی که بتواند امری غیر ممکن بنام تلقین را انجام دهد. این بار، کاب و گروهش باید کاری عکس سرقت را انجام دهند: این بار وظیفه آن‌ها دزدیدن ایده نیست، بلکه کاشتن یک ایده جدید در ذهن قربانی می باشد.
